Zollerische und wittelsbachische Versuche, die Stadt nach dem Untergang der Staufer dem Reich zu entfremden, konnte Rudolf von Habsburg (reg. 1273-1291) – wenn auch unter erheblichen
Zugeständnissen an die Burggrafen aus dem Hause Zollern - vereiteln. Schon im Großen Freiheitsbrief erschien die Nürnberger Bürgerschaft als Rechtsgemeinschaft. Sie ist 1256 erstmals als
"universitas civium" bezeugt und führte seit 1236/42 ein eigenes Siegel.
Größte Förderung ließen im 14. Jahrhundert Ludwig der Bayer (reg. 1314-1347; u. a. umfangreiche Zollprivilegien) und Karl IV. (reg. 1347-1378) der Stadt zukommen. Letzterer erhob Nürnberg in
seiner Goldenen Bulle 1356 zu dem Platz, an dem jeder neugewählte König seinen ersten Reichstag abzuhalten habe. Somit wurde Nürnberg neben dem Wahlort Frankfurt am Main und dem Krönungsort
Aachen die dritte reichsrechtlich dem Königtum verbundene Stadt.
Die Verbindung zu Königtum und Reich wurde verstärkt, als König Sigismund (reg. 1411-1437) 1423 Nürnberg die Reichskleinodien für ewige Zeiten zur Aufbewahrung anvertraute. Sie verblieben in
Nürnberg, bis sie 1796 vor den anrückenden französischen Truppen über Regensburg nach Wien geflüchtet wurden, wo sie eine neue Heimat fanden.
Unter Karl IV. begehrten 1348/49 im sogenannten Handwerkeraufstand Ratsmitglieder, unterstützt durch Handwerker und Kaufleute, gegen den alten Rat auf. Der Aufruhr hatte vor allem politische
Gründe, weil der Aufruhrrat sich in der Auseinandersetzung zwischen Kaiser Ludwigs Erben und Karl IV. auf die wittelsbachische Seite gegen den alten Rat stellte, der Karl IV. unterstützte.
Ergebnis des Handwerkeraufstands war ein dauerhaftes Verbot jeglicher handwerklicher Selbstorganisationen, wie sie in den Zunftverfassungen anderer Reichsstädte gang und gäbe waren.
Nach der Niederschlagung des Aufruhrs duldete Karl IV. 1349 im Zuge der großen Pestepidemie, die jedoch Nürnberg verschont hatte, die Zerstörung des Nürnberger Judenviertels, nach dem sogenannten
Rintfleischpogrom von 1298 der zweite große Judenpogrom in Nürnberg. 562 Juden wurden verbrannt. Das jüdische Viertel musste dem heutigen Haupt- und Obstmarkt weichen, auf den Grundmauern der
Synagoge ließ Karl IV. die Frauenkirche errichten. Kurze Zeit später siedelten sich wieder Juden in der Reichsstadt an, bis sie mit königlichem Privileg 1499 endgültig der Stadt verwiesen wurden.
Erst ab 1850 wurden wieder Bürger mosaischen Glaubens in Nürnberg heimisch.