Macht und Ansehen der fränkischen Metropole waren nun derart gefestigt, dass Rat und Bürgerschaft eine Bereinigung der wachsenden Spannungen mit den Zollern anstreben konnten. Die inzwischen in den Reichsfürstenrang erhobenen Burggrafen wurden zwischen 1385 und 1427 schrittweise aus der Stadt und teilweise auch aus der näheren Umgebung der Reichsstadt verdrängt.

Es gelang aber dem Rat 1427 beim Kauf der Burggrafenburg und der Reichswälder nicht, sämtliche Hoheitsrechte - wie die Blutgerichtsbarkeit, die hohe Jagd und das Geleit außerhalb der Stadt - von den Zollern zu erwerben.

Daher blieben bis zum Ende der Nürnberger Reichsfreiheit noch genügend Anlässe zu schwersten Streitigkeiten gerichtlicher, aber auch kriegerischer Art zwischen beiden Nachbarn bestehen, so schon 1449/50 im Ersten Markgrafenkrieg.

Aus der Feindschaft mit den Zollern entsprang um die Mitte des 15. Jahrhunderts ein Bündnis mit den wittelsbachischen Herzögen von Bayern-München.

Im Landshuter Erbfolgekrieg 1504/05 eroberte die Reichsstadt daher die zu Bayern-Landshut bzw. der Kurpfalz gehörigen Städte und Ämter Altdorf, Lauf, Hersbruck, Hohenstein, Reicheneck und Velden.

Der Kölner Friede bestätigte diesen Gebietsgewinn. Der Rat gewann damit östlich der Stadt das mit ca. 1.200 qkm größte von einer Reichsstadt beherrschte Landterritorium.