Im Jahre 1525 führte Nürnberg als erste Reichsstadt die Reformation ein. Im Zuge der kirchlichen Neuerung wurden die Nürnberger Klöster aufgehoben.

Im ehemaligen Schottenkloster St. Egidien entstand auf Anregung Philipp Melanchthons (1497-1560) das erste Nürnberger Gymnasium, die übrigen Klosteranlagen wurden reichsstädtischen Ämtern bzw. karitativen Einrichtungen übertragen.

Allein die reichsunmittelbare Deutschordenskommende hat die Reformation überstanden, aber unter Preisgabe der ehemaligen Kommendenkirche St. Jakob. Die Reformation wurde selbstverständlich auch auf das Nürnberger Landgebiet ausgedehnt. Auch die dortigen Klöster wurden säkularisiert.

Selbst das gespannte Verhältnis zum markgräflichen Rivalen wurde durch die Reformation vorübergehend gelindert: Eine Zusammenarbeit auf den Reformationsreichstagen zu Speyer und Augsburg 1529 und 1530 gipfelte in der gemeinsamen Nürnberg-Brandenburgischen Kirchenordnung des Jahres 1533.

Aber schon 20 Jahre später brach der alte Konflikt mit neuer Vehemenz im Zweiten Markgrafenkrieg 1552-1554 über das reichsstädtische Territorium herein.